神の力を持つ未知のウィルス・D９９を狙う”シリンジ”の侵攻を迎え撃つため、おとり作戦の命を受けた美琴。望月学園を離れ、D９９を保管する学園研究都市に潜入した彼女を待ち受けていたのは……!?