外界から心を閉ざしたアイコは潜在意識の中で、自らの過去と対峙する。一方、彼女を救うため〈ＡＴＨＥＯＳ〉に乗り込んだ須堂らは、奥田の野望を知ることになる。各々の運命が交錯して・・・。

左腕に正体不明の異形を宿した少女・宝生アイコ。熾烈な状況の中にも自分の居場所を見つけようと、必死に謎の怪物・キマイラと戦い続ける。だが、ある時、キマイラの正体が実は人間だったということを知って！？

徐々にその全貌を見せ始める怪物・キマイラと謎の特殊法人ＡＴＨＥＯＳ。宝生アイコの唯一の心の拠り所である調査員・須藤の悲しい過去。そして、光を求めて戦うほど深い闇に飲み込まれていくアイコの運命は？

何者かによる一家惨殺事件で死亡した宝生アイコは運ばれた研究施設の死体安置所で奇跡的に目覚める。が、彼女の腕は異形の腕に変貌を遂げていた。悲嘆に暮れるアイコ。さらに、怪物が彼女の愛犬・親友を追い詰める。