とある港町に突如現れた『人機』。この港町で育ったごく普通の少年・柊蒼旗は、『人機』の中でとある少女と出会う事となる。彼女の名は柊赤緒。柊赤緒と柊蒼旗。２人の柊が出会った時、物語は大きく動き始める――